王安石与吕惠卿，作为宋朝改革派的两大基石，本来可以相互促进，完成改革事业，可惜的是官场龌龊，人事是非多，最后导致王吕二人分道扬镳。
《东轩笔录》，王荆公秉政，更新天下之务，而宿望旧人议论不协，荆公遂选用新进，待以不次，故一时政事不日皆举，而两禁台阁内外要权莫非新进之士也。及出知江宁府，吕惠卿骤得政柄，有射羿之意。而一时之士见其得君，谓可以倾夺荆公，遂更朋附之，以兴大狱。寻荆公再召，邓绾反攻惠卿，惠卿自知不安，乃条列荆公兄弟之失数事面奏，上封惠卿所言以示荆公。故荆公表有云忠不足以取信，故事事欲其自明。义不足以胜奸，故人人与之立敌。盖谓是也。既而惠卿出亳州，荆公复相。。。
《东轩笔录》里的这段简短的论述，大体交代了二者关系的整个发展过程。吕惠卿最早就受到欧阳修和王安石的赏识，待王安石用事，革新国政，一帮老人不愿意帮忙，他只好采取非常手段提拔任用新人，其中吕惠卿最是王安石的得力助手，甚至于司马光认为，王安石的所有时政措施，其实都是出自吕惠卿之手。见司马光给皇帝的奏疏：安石贤而愎，不闲世务，惠卿为之谋主，而安石力行之。事实上也确实如此。吕惠卿很快就成了副丞相，实际主持变法事宜。这段时期是二人亲密合作的阶段。
及安石第一次罢相，吕惠卿迅速填补空白，成为参知政事。保守派赶走了王安石，当然不会善罢甘休，还要赶走王安石的得力助手、如今的参知政事吕惠卿。于是弹劾吕惠卿，吕惠卿是一个说干就干手段凌厉的人，当即就把弹劾他的人赶出了朝廷，按说这只是一次再普通不过的政治斗争，问题在于被吕惠卿赶出朝廷的人中，有一个叫王安国的。这个人正是王安石的弟弟，虽然是兄弟，但二人政治观点互相对立，王安国是一个保守派。虽然赶走王安国，在政治上没有问题，但他好歹是王安石的弟弟，这恐怕在二人的关系中留下了一道小小的罅隙。
当是时，吕惠卿实际主持中央的工作，但他上头还有一个名义上的领导，叫韩绛。韩绛这个人以前和王安石走得很近，什么事都附和王安石，自己没什么本事。如今手下是精明能干得吕惠卿，总怕有一天自己得相位被吕惠卿夺取，于是暗地里让皇帝召回王安石，以此来制衡吕惠卿。没想到皇帝还真同意了。更没想到得是，王安石接到皇帝得旨意，没有任何犹豫，当仁不让一般，“倍道而进，七日至京师”，快马加鞭，七天就到了京城。这下给吕惠卿来了个出其不意。吕惠卿傻眼了：老师怎么突然回来了？？也不提前打声招呼。互相隐瞒，二人关系进一步恶化。
接下来，该王安石的儿子王雱登场了。《东轩笔录》里所谓的“邓绾反攻惠卿”，其实幕后主使就是王雱。邓绾这个人是一个名副其实的小人，靠唱赞歌上位，先是依附王安石，王安石第一次罢相后又依附吕惠卿，等王安石被皇帝召回京城，他看准了苗头，认为吕惠卿必败于王安石，于是又叛变吕惠卿，转投王安石。这样一个反复之人，王雱怎么信得过呢？于是他交出了投名状，就是罗致吕惠卿贪污的罪行。被人弹劾贪污，吕惠卿虽然是冤大头，百口莫辩，昔日恩师王安石也一句话不说。于是他认为这是王安石在背后搞鬼。其实，他本来应该明白，这操作还用不着王安石亲自出手，自有人代劳，甚至王安石自己都不必知道。但他急火攻心，失去了理智，于是就有了向皇帝打王安石的小报告的传言。这样以来，二人势成水火，关系彻底破裂。
吕惠卿在历史上是被列入《奸臣传》的。奸在哪里呢？翻遍史书，也不过是和王安石之间的这点破事，至于他其他的施政、军务，都是大有成绩的。他是一个实务型的干部，也许平时不讲那些虚头八脑的仁义礼智信等道德文章，就因为这一点，就被修史的书呆子看不惯，被污蔑为奸臣，这也是以德治国的悲剧了。